Связь с коробкой не знаю, а шток проверить элементарно, сверху на турбину приходит тонкая резиновая трубка, а под ней клапан, а под клапаном шток, так вот когда машина заведена идёт вакуум и шток поднят вверх, и если в этот момент резиновую трубочку снять, то шток должен опуститься вниз.
А по модулятору, сам на днях попал на такую штуку, при резком наборе газа, машина затупила и перестала резво разгонятся, но при этом загорелся чек и ошибка была 1235, заглушил, завёл и ошибка пропала, так что мож как нить через эбу завязана коробка.